Фамилия Рахубенков — одна из тех, где основа сразу бросается в глаза своей необычностью, а суффикс подсказывает путь образования. В ней отчетливо видна модель «прозвище + патронимический суффикс -енк- + фамильный -ов». Суффикс -енк-(ов) типичен для украинской и южнорусской ономастики: в украинском языке -енко означает «сын» или «потомок», а при переходе в великорусскую среду к основе на -енко добавили стандартное русское окончание -в. Таким образом, Рахубенков буквально значит «сын Рахубенка», где сам Рахубенко — это уменьшительная или производная форма от прозвища Рахуб.

Корень «рахуб-» — редкий и требует разбора. Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «рахубный». В южнорусских и украинских говорах «рахубный» означает «сметливый, догадливый, расторопный», а иногда — «заботливый, хозяйственный». Прозвище Рахуб могли дать человеку с таким характером. Есть и вторая, менее распространенная гипотеза: связь с древнерусским «рахубъ» — «счет, расчет». В этом случае прозвище мог получить счетовод, казначей или просто расчетливый крестьянин. Обе версии сходятся на положительной характеристике — ум, хозяйственность, сметка.

Географически фамилия тяготеет к зоне украинско-русского пограничья: Курская, Белгородская, Воронежская области, а также восток Украины (Слобожанщина). Встречаемость невысокая, фамилия редкая. По сословной принадлежности носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами — потомками служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства. Именно в этой среде часто встречались фамилии с украинским суффиксом -енко, обрусевшие в XVII–XVIII веках.

Интересно, что фамилия могла иметь и вариант написания через «о» — Рохубенков, если корень связывать с диалектным «рохобный» (тот же смысл — «расторопный»). Однако закрепился вариант с «а», что говорит о влиянии акающих говоров. В современных базах данных фамилия фиксируется единично, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: все Рахубенковы, скорее всего, восходят к одному небольшому роду из южнорусских регионов.