Фамилия Раксеева — женская форма фамилии Раксеев, а её основа, скорее всего, — прозвище или мирское имя Раксей. В русской ономастике это редкий случай, когда корень не лежит на поверхности и не связан с очевидными профессиями или животными. Скорее всего, Раксей — это диалектное или искажённое имя, и здесь есть две основные версии.

Первая и наиболее правдоподобная: Раксей — форма крестильного имени Рафаил (от древнееврейского «Бог исцелил»). В народной речи имя Рафаил могло преобразоваться в Рахвей, Рахей, а затем и в Раксей через замену звуков. Такие фонетические изменения типичны для русских говоров: «х» переходит в «к» под влиянием аканья или просто для удобства произношения. Если это так, то предок носителя фамилии был крещён Рафаилом, а в быту звался Раксеем, и от этого прозвища пошла фамилия.

Вторая версия, менее распространённая, связывает Раксея с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «рак» означает «свет» или «сияние», а суффикс «-сей» мог быть адаптацией имени, например, Раксы — «светлый». Однако эта гипотеза слабее, потому что фамилия не встречается массово в регионах с тюркским населением, и её ареал, судя по современным данным, скорее центрально-русский или поволжский.

Суффикс «-ев» указывает на типичную русскую модель образования: от имени или прозвища на «-ей» (Раксей) притяжательное прилагательное — «чей?» — Раксеев, то есть сын или потомок Раксея. Фамилия не относится к дворянским или купеческим, а скорее всего, крестьянская или мещанская, что подтверждается её редкостью и отсутствием в дореволюционных родословных книгах. Встречается она в основном в Тверской, Нижегородской и Ивановской областях, что косвенно подтверждает версию о русском происхождении от имени Рафаил, так как эти регионы — зона активного бытования народных форм церковных имён.