Фамилия Ракшеев образована от прозвища Ракшей, которое, скорее всего, связано с названием птицы — ракши. В русских диалектах ракшей называли сизоворонку, яркую птицу из отряда ракшеобразных. Прозвища по названиям птиц давали либо за внешнее сходство (например, за пёструю или заметную одежду), либо за особенности поведения — крикливость, суетливость, яркую манеру держаться. Основа фамилии редкая: в отличие от распространённых Соколов, Орлов или Воробьёв, «ракша» встречается в прозвищах гораздо реже, что делает фамилию заметной на фоне других «птичьих» фамилий.

Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Ракшеев буквально значит «сын Ракшея». В русских фамилиях суффикс -ев присоединялся к основам на мягкий согласный или на -й (в данном случае Ракш-ей > Ракше-ев). Форма Ракшей, а не Ракша, говорит о том, что прозвище могло звучать в уменьшительной или обиходной форме: Ракшей — то же, что и Ракша, но с типичным для старых русских имён и прозвищ окончанием -ей (сравните: Гуляй, Нечай, Забава).

По географии фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — встречается в документах по Тульской, Рязанской, Тамбовской губерниям, что косвенно подтверждает её диалектное происхождение: слово «ракша» именно в значении «сизоворонка» фиксируется в южновеликорусских говорах. В северных и сибирских регионах фамилия редка.

Версия о связи с тюркскими корнями (например, от тюркского «рак» — рак, или от имени Ракыш) маловероятна: русская словообразовательная модель с суффиксом -еев и прозрачная семантика «птичьего» прозвища дают более естественное объяснение. К тому же в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на -еев от прозвищ на -ей — типично русское явление.

Итак, предок носителя фамилии Ракшеев, скорее всего, получил прозвище Ракшей за сходство с пёстрой и голосистой птицей ракшей. Он мог быть крестьянином или посадским человеком из центральной России, а сама фамилия закрепилась за его потомками в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ев и -ов окончательно сформировались в русском быту.