Фамилия Ракушинец — украинская или белорусская по происхождению, что выдают суффикс -ец и характерная основа. В русском языке такой формант почти не встречается в фамилиях на -ец (за исключением нескольких вроде Кузнец или Земледелец), зато для западных и южных земель это обычное дело: -ец указывает на принадлежность к месту или на прозвище по действию.

Корень «ракуш-» ведёт к слову «ракуша» или «ракушка». В прямом смысле — моллюск или его створка. Но здесь, скорее всего, не зоология, а топонимика. На Украине и в Беларуси есть несколько сёл и хуторов с названием Ракушино, Ракушин, Ракушичи. Жителя такого места называли ракушинец — «тот, кто из Ракушина». Фамилия, таким образом, могла закрепиться за выходцем из конкретного населённого пункта. Похожая модель: Черниговец, Полтавец, Березинец.

Есть и вторая версия — прозвищная. Ракушей на юге России и в Малороссии иногда называли человека с большими ушами (по ассоциации с раковиной) или болтливого («ракушить» — трещать, говорить без умолку). Если прозвище дали за характер или внешность, то Ракушинец — это уже «сын Ракуши», то есть патроним с уменьшительным или относительным суффиксом. В украинской традиции фамилии на -ец нередко образовывались от прозвищ отца: Иванец, Петрец, Ракушинец.

Географически фамилия встречается в основном в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина, Хмельниччина) и в южной Беларуси (Брестчина). В России крайне редка, единичные носители — потомки переселенцев с Украины. Сословно — почти наверняка крестьянская или казачья, без дворянских корней.

Важная деталь: написание через «и» (Ракушинец, а не Ракушенец) указывает на твёрдую основу «ракуш-» и на то, что ударение в исходном топониме падало на второй слог — Ракушино. Если бы писали через «е», корень читался бы иначе.