Фамилия Рапалис звучит нехарактерно для русской среды, и это первая подсказка. Скорее всего, перед нами латышская или, шире, балтийская фамилия. Об этом говорит финаль -ис, которая в латышском языке является типичным окончанием мужского рода в именительном падеже (ср. латышские фамилии Берзиньш, Озолиньш). В русской передаче долгое латышское окончание часто усекали, но -ис могло сохраниться, если носитель был латышом или фамилию записали с исходным окончанием ещё в XIX веке.

Основа Рапал- скорее всего, восходит к латышскому слову rapa — «лягушка», «жаба». В латышском слово rapalis означает «лягушонок» или «головастик». Так могли прозвать человека, жившего у болота, имевшего гнусавый голос или, возможно, профессию, связанную с водой (рыбак, лодочник). Прозвища по земноводным встречаются в балтийской ономастике нередко — это не оскорбление, а бытовая характеристика по месту или повадке.

Менее вероятная версия — связь с литовским словом raplė (разг. «рука», «лапа»), но тогда ожидалось бы окончание -ис в литовском варианте (Раплис), а не -алис. Латышское происхождение надёжнее, тем более что в Латгалии и приграничных с Литвой районах Латвии фамилия Рапалис встречается и сегодня, хоть и нечасто.

Если носитель фамилии живёт в России, это, скорее всего, потомок латышских переселенцев конца XIX — начала XX века, когда латыши переезжали в Сибирь или на Дальний Восток. В польском или белорусском контексте фамилия могла бы звучать как Рапаль или Рапалович — финаль -ис указывает именно на латышскую среду.

Итак, фамилия Рапалис — балтийская, образована от прозвища по слову «лягушка», закрепившегося за предком по месту жительства или внешнему сходству. Устойчивого дворянского или крестьянского сословного маркера у неё нет — это рядовая фамилия латышского крестьянства, которая после отмены крепостного права в Лифляндии и Курляндии (начало XIX века) и стала записываться как наследственная.