Фамилия Рапильбеков — редкий случай, когда в основе лежит составное имя, собранное из двух разных языковых традиций. Первая часть, «Рапиль», — это казахская или тюркская адаптация арабского имени Рафиль (Рафи‘), которое означает «высокий», «возвышенный» или «достойный». Вторая часть, «бек», — тюркский титул, обозначающий князя, господина или предводителя. В соединении они дают значение «господин Рафиль» или «князь, носящий имя Рафиль».

Модель образования фамилии типична для казахской ономастики, но с русским суффиксом -ов. В Казахстане и среди тюркских народов фамилии часто строятся от отчества: имя отца (Рапильбек) плюс окончание -ов (или -ев, -ин) по русской паспортной традиции XIX–XX веков. Таким образом, Рапильбеков буквально означает «потомок Рапильбека» или «из рода Рапильбековых».

Географически фамилия почти наверняка привязана к Казахстану, реже — к другим регионам Средней Азии, где распространены тюркские имена с компонентом «бек». В России она встречается эпизодически, в основном среди казахской диаспоры. Социальный контекст: в дореволюционное время «бек» в имени указывало на принадлежность к знатному или старшинскому роду, но к моменту массовой фиксации фамилий (1920–1930-е годы) этот титул уже утратил сословное значение и воспринимался как часть личного имени.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Рапильбеко́в, по аналогии с другими фамилиями на -беков (Аманбеков, Ербеков). Вариант с ударением на второй слог (Рапи́льбеков) возможен, но менее логичен для тюркской основы, где ударение обычно на конце.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Рапильбеков — не единственная фамилия с корнем «Рапиль». Встречаются Рапильев, Рапильбаев, Рапильжанов, но все они редки и локальны. Отсутствие массовых носителей говорит о том, что фамилия не вышла за пределы одного-двух родов и не успела «размножиться» в советское время через миграции.