Фамилия Ратокова — женская форма мужской фамилии Ратоков. В русской традиции такие фамилии обычно образуются от прозвищ или основ, оканчивающихся на твердый согласный, с помощью суффикса -ов. Однако в случае с Ратоковым/-ой суффикс нестандартный: здесь мы видим не типичное -ов, а -оков, что встречается реже и указывает на возможное непродуктивное словообразование или заимствованный корень.

Самая вероятная версия происхождения — от прозвища Раток или Ратоко. Основа «рат-» в русских говорах могла означать «воин», «битва» (от «рать»). Но суффикс -ок скорее уменьшительный или прозвищный, как в словах «поток», «куток». То есть Раток — это «маленький ратник» или, в переносном смысле, человек с воинственным, задиристым характером. Вторая версия, менее распространенная, — связь с диалектным словом «рато́к» (небольшой ров, канава) или с названием инструмента («ратовище» — древко копья). Тогда прозвище могло относиться к крестьянину, жившему у рва, или к ремесленнику, делавшему древки.

Географически фамилия тяготеет к Северному Кавказу, особенно к Кабардино-Балкарии и соседним регионам. В адыгских языках есть корень «рат» (свет, сияние), и фамилия может быть русифицированной формой адыгской фамилии Ратокъуэ. В таком случае Ратокова — это потомок человека по имени Раток, что переводится как «светлый сын» или «сияющий». Это объясняет необычный суффикс -оков: он возник при адаптации иноязычного окончания под русскую модель.

Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были государственными крестьянами или казаками — в записях по Терской области встречаются Ратоковы среди горских казачьих станиц. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Споров о происхождении немного: адыгская версия кажется более правдоподобной из-за ареала бытования, а русская — альтернативной, но не противоречащей словообразованию.