Фамилия Райстене — редкий случай в русском ономастиконе. Сразу бросается в глаза окончание: -ене нетипично для исконно русских фамильных моделей. В русском языке фамилии образуются преимущественно с суффиксами -ов/-ев, -ин, -ский, -их/-ых. Окончание -ене указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, прибалтийское или, реже, польское.

Самый вероятный источник — латышская или литовская основа. В латышском языке слово «raist» означает «болото, топь», а «raistene» — производное, обозначающее «болотистое место». Фамилия могла возникнуть как топонимическое прозвище: человека, жившего у болота или на болотистой почве, называли Райстене. В Латвии и Литве фамилии на -ene, -eне (в женском роде) и -ens, -enis (в мужском) широко распространены и часто указывают на место жительства или род занятий.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с немецким словом «Reisten» (путешествовать, странствовать), но в таком случае фамилия скорее приняла бы форму Райстен или Райстенов. Поскольку в русском языке фамилия сохранила характерное окончание, её носители, вероятно, выходцы из Прибалтики, переселившиеся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Фамилия не получала массового распространения, и встретить её можно преимущественно в бывших прибалтийских губерниях или среди потомков латышских и литовских переселенцев. Сословной привязки нет: такую фамилию мог получить и крестьянин, и мещанин, и мелкий дворянин — всё зависело от того, где и кем был записан предок.