Фамилия Рефанов — редкая и неочевидная. Если отбросить суффикс -ов, который в русских фамилиях чаще всего означает «сын» или «принадлежащий», остаётся основа «Рефан». Вот с ней и главная сложность: в русском языке нет общеупотребительного слова «рефан» или «рефань». Значит, искать корень нужно либо в прозвище, либо в адаптированном чужом имени.

Самая вероятная версия — что Рефанов восходит к каноническому имени Рефаил (или его просторечной форме Рефан). В православных святцах есть имя Рефаил, происходящее от древнееврейского «рафа» — «исцелять» или «Бог исцелил». В народном произношении имя нередко укорачивали: Рефан, Рефаня. Отсюда и пошла фамилия: Рефанов — «сын Рефана». Такая модель образования (от разговорной, «домашней» формы имени) типична для крестьянской и мещанской среды, где полное церковное имя в быту почти не использовали.

Есть и альтернативная, менее распространённая гипотеза: связь с тюркским корнем. В некоторых тюркских языках «рефан» или близкие созвучия означают «изобилие», «богатство». Однако эта версия слабее, потому что фамилия с таким корнем почти не встречается в регионах традиционного тюркского влияния (Поволжье, Урал, Сибирь). Основной ареал Рефановых — центральные и южные области России, где преобладало православное население.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась сравнительно поздно, не ранее XVII века, когда отчества на -ов стали закрепляться как наследственные. При этом фамилия осталась локальной и не получила распространения среди дворянства или купечества первой гильдии — в исторических документах Рефановы чаще всего значатся как крестьяне, реже как мещане.

В написании фамилии возможна путаница: изредка встречается вариант «Рефаннов» (с двумя «н»), но это графическая ошибка, не меняющая происхождения. Единственное, что точно можно сказать: носитель фамилии Рефанов — потомок человека, которого в быту звали Рефаном. И это имя, скорее всего, не прозвище, а сокращённая форма церковного имени Рефаил.