Фамилия Рефатов — редкий случай в русском ономастиконе. Она явно искусственного, книжного происхождения и почти наверняка связана с семинарской традицией XVIII–XIX веков, когда будущим священникам давали фамилии по церковным праздникам, библейским именам или латинским и греческим словам.

Основа — «Рефат». Это транслитерация имени Руф (Rufus) или его производной формы, закрепившаяся в церковнославянской традиции. В латыни «rufus» означает «рыжий», «красноватый». В православных святцах есть несколько святых с именем Руф: апостол от семидесяти Руф (память 8 апреля и 21 ноября) и мученик Руф Кесарийский. В русском произношении имя через греческое посредство могло звучать как «Руф», «Реф» или «Рефат» — отсюда и фамилия.

Суффикс -ов указывает на притяжательное значение: «сын Рефата» или «из рода Рефата». Это стандартная модель для русских фамилий, но в паре с редкой основой она даёт необычный результат. В отличие от фамилий, образованных от крестьянских прозвищ, Рефатов — это «кабинетная» фамилия, придуманная в духовных училищах.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, что совпадает с зоной распространения семинарских фамилий. Носители — потомки духовенства, реже — выходцы из семей, где один из предков получил фамилию при записи в метрическую книгу.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: происхождение от тюркского корня «рефат» (араб. «риф’ат» — «высота», «достоинство»). Но в таком случае фамилия писалась бы как Рефатов с ударением на второй слог и имела бы ареал в татарской или башкирской среде, что для этой фамилии нехарактерно. Скорее всего, перед нами именно русская семинарская фамилия, за которой стоит не прозвище и не ремесло, а книжное имя и церковная среда.