Фамилия Рафатов — редкий случай, когда вопросов больше, чем ответов. С первого взгляда она похожа на типичную русскую фамилию с суффиксом -ов, указывающим на принадлежность («чей?» — сын Рафата). Но корень здесь не славянский, а тюркский или арабский, что сразу сужает круг возможных версий.

Самая прямая версия: в основе лежит мужское имя Рафат. В арабском языке имя Рафат (Рафаат, Рифаат) означает «высокий», «возвышенный», «достоинство». В тюркских языках, особенно у татар и башкир, это имя встречается как вариант арабского заимствования. Соответственно, Рафатов — это «потомок Рафата». Такую фамилию могли получить дети или внуки человека по имени Рафат в среде, где фамилии образовывали по отцовскому имени (патроним). В русской традиции это делали с помощью суффикса -ов, и тюркские имена легко встраивались в эту модель.

Есть, однако, и более редкая, но возможная версия — от прозвища. В тюркских диалектах слово «рафат» или близкое к нему могло означать «спокойный», «уравновешенный», «благоразумный». Если человека так прозвали за характер, то фамилия могла закрепиться уже от прозвища, минуя личное имя. Но эта гипотеза слабее: имя Рафат как личное распространено шире, чем прозвище.

Географически фамилия Рафатов встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), а также среди кавказских народов, где распространены арабские имена. В центральной России она редка. Это подсказывает, что предки носителя фамилии, скорее всего, были мусульманами, принявшими русскую фамильную модель.

С социальной точки зрения, Рафатовы — не дворянская фамилия. Она не фигурирует в родословных книгах Российской империи. Это фамилия крестьянского или мещанского сословия, которая закрепилась в XIX — начале XX века при массовом учёте населения. Никаких знаменитых исторических личностей с такой фамилией не зафиксировано, что типично для патронимических фамилий от восточных имён: их носители — обычные люди, а не аристократия.

Однокоренные фамилии — Рафатовский (польская или украинская версия с суффиксом -ский) и Рафатов (без вариантов). Встречается также написание Рафатовъ (до реформы орфографии 1918 года), но это лишь графическая особенность.