Фамилия Рафатова — женская форма, а её мужской вариант — Рафатов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Рафата). В центре фамилии лежит имя Рафат.

Самая прямая версия — что это усечённая или бытовая форма арабского имени Рафат (или Рифат). В арабском языке корень «р-ф-т» связан с понятиями «высокий», «возвышенный», «почётный». Имя Рафат (Рифат) встречается у тюркских народов, исповедующих ислам, — у татар, башкир, казахов. Поэтому носители фамилии Рафатовы, скорее всего, имеют татарские или башкирские корни. Фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или просто в русскоязычной среде, где имя Рафат адаптировали по русским словообразовательным законам.

Реже встречается версия, что Рафат — это вариант имени Рафаил (библейского архангела Рафаила). В народной речи имя Рафаил могли сокращать до Рафа, а затем до Рафат, особенно в южнорусских и украинских говорах, где любили добавлять -ат: от Гаврила — Гаврилат, от Михаила — Михайлат. Тогда фамилия Рафатов означала бы «потомок Рафата», то есть человека, которого в быту звали сокращённо от Рафаил.

Фамилия редкая. Она не входит в списки распространённых русских фамилий, не имеет дворянских или старых купеческих ветвей. Это поздняя, в основном крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XIX века, когда фамилии стали давать всем сословиям. Географически её стоит искать в Поволжье (Татарстан, Башкортостан) или в южных областях России, где были сильны тюркские и греческие влияния.