Фамилия Рафанов, скорее всего, ведет свое начало от названия города Рафан (Рафаны), который был расположен к востоку от Иордана. Известно, что он находился в союзе вместе с другими городами, который назывался Десятиградие. Вполне вероятно, что основатель рода Рафановых родился в этом населенном пункте. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от мусульманского мужского имени Рафан, в основе которого, вероятно, лежит арабское слово «рафи», то есть «высокопоставленный; хорошо известный». Возможно, родители, нарекая своего ребенка таким именем, желали ему власти и богатства. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Рафановых можно лишь на основании генеалогических исследований.