Фамилия Рафанова принадлежит к распространённому типу русских семейных именований, образованных от личного имени или прозвища отца с помощью патронимического суффикса -ов. Женская форма Рафанова указывает на то, что мужская линия рода носила фамилию Рафанов, а её основа — мужское имя или прозвище Рафан.

Вопрос о происхождении этой основы не имеет однозначного ответа, и ономасты обычно рассматривают две главные версии. Первая связывает фамилию с географическим названием Рафан (или Рафаны) — древним городом, находившимся к востоку от реки Иордан. Этот город входил в союз эллинистических полисов, известный как Десятиградие (Декаполис). В этом случае прозвище Рафан мог получить человек, родившийся в этом населённом пункте или имевший с ним иные прочные связи. Такая модель — присвоение прозвища по месту рождения или жительства — была чрезвычайно распространена на Руси, поэтому версия выглядит правдоподобной, хотя и требует допущения о реальных контактах предка с этим ближневосточным регионом.

Вторая гипотеза видит в основе фамилии мусульманское мужское имя Рафан. Его возводят к арабскому слову «рафи», которое переводится как «высокопоставленный» или «хорошо известный». Сторонники этой версии предполагают, что родители, давая ребёнку такое имя, желали ему в будущем власти, почёта и богатства. Эта версия хорошо объясняет бытование фамилии в среде народов, традиционно исповедующих ислам, а также в регионах со смешанным населением, где русская фамилия могла закрепиться за потомками выходцев из тюркской или кавказской среды.

Выбор между этими версиями во многом зависит от конкретной семейной истории и географии проживания предков. Если род имеет давние корни в центральной России, версия с прозвищем по месту рождения выглядит более органичной. Если же фамилия встречается в Поволжье, на Урале или Северном Кавказе, где веками происходил активный культурный обмен между славянским и тюркским населением, арабская основа имени становится вполне объяснимой.

Сама фамилия Рафанова — довольно редкая, она не входит в число массовых русских фамилий. Это делает её особенно интересной для генеалогического поиска, так как позволяет с большей вероятностью проследить историю конкретного рода. Процесс формирования фамилий на Руси был длительным и завершился в основном к концу XIX века, поэтому окончательно утверждать о точном месте и времени возникновения рода Рафановых можно только после изучения архивных документов и метрических книг. Тем не менее, обе рассмотренные версии дают ключ к пониманию того, каким видели своего предка — либо человеком, связанным с далёкими библейскими землями, либо носителем имени, обещавшего высокое положение.