Фамилия Рафанов имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Рафанов уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Рафанов являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Рафанов, скорее всего, ведет свое начало от названия города Рафан (Рафаны), который был расположен к востоку от Иордана. Известно, что он находился в союзе вместе с другими городами, который назывался Десятиградие. Вполне вероятно, что основатель рода Рафановых родился в этом населенном пункте. Согласно другой гипотезе, фамилия образована от мусульманского мужского имени Рафан, в основе которого, вероятно, лежит арабское слово «рафи», то есть «высокопоставленный; хорошо известный». Возможно, родители, нарекая своего ребенка таким именем, желали ему власти и богатства. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Рафанов способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Рафанов представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.