Фамилия Рафановы — редкий случай, когда в основе родового имени лежит не прозвище и не крестильное имя, а название древнего города. Речь о Рафане (или Рафанах), который стоял к востоку от Иордана и входил в союз городов Десятиградие. Если эта версия верна, то родоначальник фамилии мог родиться в этом поселении, а на Русь попал либо через торговые пути, либо в свите восточного вельможи. Такое объяснение выглядит правдоподобнее прочих хотя бы потому, что напрямую объясняет форму фамилии: суффикс -ов здесь указывает на принадлежность к месту, как у фамилий Казанцев или Ростовцев.

Впрочем, есть и вторая гипотеза, и она тоже имеет право на жизнь. Фамилию могли образовать от мусульманского мужского имени Рафан, в основе которого лежит арабское «рафи» — «высокопоставленный», «хорошо известный». Родители, нарекая сына таким именем, желали ему власти и богатства. Эта версия объясняет личное имя, но не объясняет, почему человек с таким именем оказался в русской среде. Возможно, ответ кроется в истории Золотой Орды: фамилия относится к пласту древнейших восточных фамилий, которые вели начало от тюркских носителей — печенегов, половцев или выходцев из ордынских земель. Корни такой фамилии уходят в XV–XVII века, когда многие нерусские дворяне поступали на службу к московским государям и оседали в России.

Сведения о восточном происхождении рода Рафановых подтверждаются самим именем родоначальника — оно явно не славянское и не греческое, что для той эпохи было маркером иноземного корня. Проникновению инонациональных основ в русские фамилии способствовал исторический факт: значительная часть дворянства в России по происхождению была нерусской, и фамилии такого типа не были редкостью среди служилого сословия. Тем не менее, в отличие от многих ассимилировавшихся родов, Рафановы сохранили в своей фамилии прямую отсылку к восточной культуре и письменности, что делает её своеобразным памятником той эпохи, когда границы между культурами были куда прозрачнее, чем принято думать.