Фамилия Руфатова — женская форма, а её мужской вариант — Руфатов. В основе лежит имя Руфат, которое в русской традиции встречается редко и имеет неоднозначное происхождение. Самая вероятная версия связывает его с арабским именем Руфат (или Рифат), которое означает «высокий», «возвышенный» или «достоинство». В мусульманских культурах это имя распространено, особенно у татар, башкир и народов Кавказа. Отсюда фамилия могла возникнуть у крещёных татар или представителей других тюркских народов, принявших православие: имя становилось прозвищем, а затем и фамилией через стандартный русский суффикс -ов.

Менее вероятная, но допустимая версия — происхождение от греческого имени Руф (Rufus), что значит «рыжий» или «красный». В святцах есть святой Руф, ученик апостола Павла. В этом случае фамилия могла образоваться через промежуточную форму Руфат (как уменьшительно-ласкательный вариант) или через украинское/белорусское влияние, где суффикс -ат- встречается чаще. Однако для русских фамилий такая модель нетипична, и арабский корень выглядит убедительнее.

Географически фамилия Руфатова тяготеет к регионам с татарским населением — Татарстану, Башкортостану, а также к югу России и Поволжью. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном характере. Поскольку суффикс -ов стандартный для русской модели, предки носителей фамилии, скорее всего, были крещёными татарами или русскими, получившими фамилию от прозвища, данного по имени соседа-иноверца.

В написании фамилии стоит обратить внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на второй слог — Руфа́това, хотя в разговорной речи возможны варианты. Сословного барьера у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство, но в дворянских родословных книгах она не фиксируется.