Фамилия Рафкатова — женская форма от Рафкатов, и её происхождение напрямую связано с редким личным именем Рафкат. Это имя, в свою очередь, восходит к арабскому корню «рафакат», что означает «дружба», «товарищество» или «сопровождение». В татарской и башкирской среде имя Рафкат (иногда в форме Рафкатдин) было известно, но не получило широкого распространения, поэтому и фамилия остаётся довольно редкой.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Рафкат добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем окончание женского рода -а. Такой способ типичен для фамилий, которые формировались в XIX–XX веках у народов Поволжья и Приуралья, входивших в состав Российской империи. Мужская форма Рафкатов означает «сын Рафката», а женская Рафкатова — «дочь или жена Рафката».

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, а также к регионам с компактным проживанием татар — например, к Оренбургской и Челябинской областям. Встречается она и у казахов, где имя Рафкат также бытовало, но в меньшей степени. Поскольку имя не было массовым, предки носителей фамилии, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды, где давали имена, подчёркивавшие положительные качества — дружелюбие и верность.

Отличительная черта фамилии — её прозрачная семантика. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён или утерян, здесь значение «дружба» легко угадывается. В этом смысле Рафкатова — одна из немногих фамилий, чья основа прямо говорит о человеческом качестве, а не о ремесле или месте жительства. Сравните с однокоренными Рафкатовыми — все они восходят к одному имени, но из-за редкости имени не образуют громоздких генеалогических ветвей.