Фамилия Рафгатов — одна из тех, где угадывается нерусская основа, но русская модель оформления. Это отчество, образованное по стандартной патронимической схеме с суффиксом -ов, который в русском языке закрепился за фамилиями, произошедшими от мужских имён или прозвищ. Корень здесь — арабское имя Рафгат, которое в свою очередь восходит к Рафат (иногда пишется как Рифат или Рифкат). В арабском языке это имя означает «возвышенный», «высокий» или «достоинство», и оно широко распространено у народов, исповедующих ислам, — у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Словообразовательная модель проста: к основе Рафгат добавляется русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность: «сын Рафгата». Такой тип фамилий массово появлялся в XIX — начале XX века, когда у тюркских и кавказских народов, входивших в состав Российской империи, начали официально фиксировать фамилии по русскому образцу. Поэтому Рафгатов — это не исконно русская фамилия, а адаптированная, и её носители, скорее всего, имеют татарские или башкирские корни.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в Поволжье (Татарстан, Башкортостан), а также в регионах, куда мигрировало татарское население — в Уральском федеральном округе и Западной Сибири. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Рафатов, но это уже другое имя-основа (Рафат без «г»). В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не фиксируется, поскольку относится к поздним и региональным образованиям, но в ономастике тюркских народов она описана как производная от имени Рафгат.

Сословно предки Рафгатовых, скорее всего, были крестьянами или мещанами, реже — купцами или духовными лицами (муллами). Имя Рафгат нередко давали в семьях, где ценили религиозное образование, поэтому среди носителей фамилии могли быть учителя медресе или имамы. Однако точных данных о каком-либо знатном происхождении нет — это фамилия, которая говорит о личном имени предка, а не о его титуле или ремесле.

Спорных версий у фамилии практически нет: корень прозрачен, а суффикс типичен. Единственное, что может запутать — схожесть с фамилией Рафатов, но разница в букве «г» указывает на разное исходное имя (Рафгат против Рафат). Если вы встретили фамилию Рафгатов в документах, можно с высокой вероятностью предполагать, что ваш предок по мужской линии носил имя Рафгат, и фамилия закрепилась за его потомками как отчество.