Фамилия Рубонова — женская форма фамилии Рубонов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа здесь — «Рубон», что сразу отсылает к глаголу «рубить». Но в отличие от более частых фамилий вроде Рубцов или Рублёв, суффикс «-он» встречается реже и указывает на конкретное прозвище, а не на профессию или отчество от имени.

Скорее всего, прозвище Рубон дали человеку с резким, прямолинейным характером — рубящему правду-матку, не склонному к дипломатии. В русских говорах «рубон» могло означать и того, кто работает топором, но не профессионально (не плотник, а, скажем, лесоруб или просто человек, который рубит дрова). Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом «рубон» (удар, отсечение), но в бытовых прозвищах такие абстрактные значения приживались хуже.

Географически фамилия Рубонов/Рубонова тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, где рубка леса была основным промыслом. В этих краях прозвища на «-он» (Борон, Толокон) встречаются чаще, чем на юге. Суффикс «-ов» в окончании фамилии — стандартный патронимический, то есть «сын Рубона». Значит, первый носитель фамилии был потомком человека с прозвищем Рубон.

Встречаются однокоренные фамилии — Рубанов, Рубин, Рубцов. Рубонова от них отличается именно редкой основой: если Рубанов — от «рубан» (струганное место) или прозвища Рубаный, то Рубон звучит грубее и архаичнее. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это крестьянская или мещанская фамилия, образованная от бытового уличного прозвища.

Окончание «-а» в женской форме не меняет смысла: Рубонова — это «дочь или жена Рубонова». В современных справочниках фамилия нечастотная, но устойчивая, не склонная к исчезновению.