Фамилия Рукомойникова образована от прозвища или профессии отца — Рукомойник. Слово «рукомойник» в русском языке имеет два значения: во-первых, это сосуд для умывания (кувшин с носиком, подвесной умывальник), во-вторых, так называли человека, который изготавливал или продавал такие сосуды. Вторая версия правдоподобнее: в основе фамилии лежит не бытовой предмет, а ремесленная специализация. Гончары, делавшие рукомойники, в документах XVII–XVIII веков нередко получали прозвище Рукомойник, которое затем закреплялось за их детьми.

Суффикс -ов- в окончании указывает на типичную русскую модель образования фамилий: «чей?» — Рукомойникова, то есть дочь или жена Рукомойника. Такая форма характерна для центральных и северных губерний России, где фамилии на -ов/-ев доминировали. Мужской вариант фамилии — Рукомойников, женский — Рукомойникова, что соответствует стандартной русской антропонимике.

Интересная деталь: фамилия редкая и почти не встречается за пределами восточнославянского ареала. Словарь русских фамилий Б. Унбегауна относит её к числу «профессиональных», но не приводит массовых примеров — это говорит о локальном бытовании. В отличие от фамилий вроде Кузнецов или Мельников, Рукомойниковы не образовали крупных родовых гнёзд. Вероятно, предки были ремесленниками в небольших городах или сёлах, где гончарное дело не было основным промыслом.

Не стоит путать фамилию с однокоренной Рукомойкин — та образована от прозвища «Рукомойка» (возможно, неряха или, наоборот, чистюля). Рукомойникова же жёстко привязана к конкретному ремеслу. Если искать параллели, то ближе всех фамилия Умывальников — но она ещё реже и фиксируется в основном в южных областях России.