Фамилия Рукшинский вписывается в ряд фамилий на -ский, типичных для польской, украинской и белорусской шляхты, а также для духовенства и мещанства в Российской империи. В отличие от крестьянских фамилий на -ов/-ев, которые образовывались от отчества или прозвища отца, фамилии на -ский часто указывали на владельческий статус или географическое происхождение: «из Рукшина» или «из Рукши». Соответственно, предок носителя фамилии мог быть владельцем или жителем населённого пункта с корнем Рукш-.

Сам корень Рукш- — тёмный и требует аккуратного разбора. Наиболее вероятная версия связывает его с древним славянским личным именем Рукша, которое встречается в польских и западнорусских источниках. Имя Рукша могло быть сокращением от Ростислав или Рудислав, где первый слог «Ру-» отсекался, а остаток оформлялся уменьшительным суффиксальным элементом -кш-. Подобная модель словообразования (с суффиксом -кш-) редка, но встречается в западнославянской ономастике. Таким образом, Рукшинский — это «потомок Рукши».

Менее распространённая версия выводит фамилию из географического названия. В исторических документах упоминаются селения Рукша (в современной Литве) и Рукшино (в Псковской губернии). Если предок происходил из такого места, то фамилия означала «прибывший из Рукши». В пользу этой версии говорит наличие фамилий Рукша и Рукшин — они могли быть исходными, а форма на -ский — вторичной, полученной при переходе в другую социальную группу.

Что касается социального контекста, носители фамилии Рукшинский в Российской империи чаще всего принадлежали к мелкопоместной шляхте (в западных губерниях) или к духовному сословию. Семинаристы нередко получали фамилии от названий мест, где служил их отец, или от редких имён, чтобы выделиться среди множества однофамильцев. Поскольку фамилия не слишком распространена, её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, сформировавшейся на территории современной Беларуси или Смоленщины.