Фамилия Рунишева — женская форма фамилии Рунишев, и её происхождение неочевидно с первого взгляда. Основа здесь — «Руниш», а суффикс «-ев» указывает на принадлежность: «чей?» — Рунишев, то есть потомок человека по прозвищу или имени Руниш.

Самое правдоподобное объяснение корня «Рун-» — диалектное или профессиональное прозвище. В русских говорах «рунить» означало «ворчать, брюзжать» или, в других областях, «кричать, звать». Соответственно, Руниш — ворчун, брюзга, либо же, наоборот, громогласный человек. Такие прозвища по поведению давали часто и без злого умысла — просто как отличительную черту. Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Руниш (вариант Рунис), которое встречается у татар и башкир. В этом случае фамилия могла иметь восточные корни, но её русская суффиксация («-ев») и окончание «-а» у женской формы говорят о том, что она давно обрусела.

Суффикс «-ш-» в основе — редкий для русских фамилий. Обычно прозвища с таким окончанием (например, Груниш, Варниш) образовывались от глаголов или личных имён с уменьшительным оттенком. В случае Рунишева «-ш» могло быть либо частью корня, либо остатком древнего прозвищного суффикса, что делает фамилию ценной для ономастики — она сохранила нечастую модель словообразования.

Географически фамилия Рунишева тяготеет к центральным и южнорусским областям, особенно к Поволжью. Встречается она нечасто, что типично для прозвищных фамилий, не перешедших в разряд массовых дворянских или купеческих. Сословно предки Рунишевых, скорее всего, были крестьянами или мещанами — прозвище закрепилось за родом без перехода в высшие слои.

Таким образом, фамилия Рунишева — это след от живого прозвища, которое дали предку за характер или голос. Она не имеет отношения к знатным родам или иностранным заимствованиям, а держится на бытовой наблюдательности: «Руниш» — тот, кто рунит, то есть ворчит или громко говорит.