Фамилия Рунзина — женская форма, мужская — Рунзин. Как и большинство русских фамилий на -ин, она образована от личного имени или прозвища, в основе которого лежит слово «рунза». Это слово в русских говорах имело конкретное, бытовое значение: так называли плохую, низкосортную шерсть, а также мохнатую, неопрятную вещь или одежду. Соответственно, Рунзой в крестьянской среде могли прозвать человека небрежного, неряшливого в одежде, либо того, кто работал с такой шерстью — например, чесальщика или валяльщика.

Версия с тюркским корнем, где «рунза» могла означать «светлая», «сияющая», менее вероятна для фамилии, закрепившейся в центральной России. Слово «рунза» фиксируется в севернорусских и сибирских говорах, что указывает на возможную географию возникновения фамилии — Архангельская, Вологодская области или Пермский край. Именно в этих регионах шерстяной промысел был распространён, и прозвище по роду занятий или внешнему виду было естественным.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Рунзин — «сын Рунзы» или «человек из семьи Рунзы». Фамилия редкая, не входит в списки массовых русских фамилий и не имеет дворянских корней — её носители, скорее всего, происходят из среды государственных или помещичьих крестьян. В современном ономастиконе Рунзины встречаются точечно, и каждая ветвь — отдельная история, уходящая в местный говор и быт.