Фамилия Рущер — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она имеет немецкие или еврейские (ашкеназские) корни, но не исключено, что перед нами искажённая запись фамилии, попавшей в русскоязычную среду.

В немецком языке фамилия могла образоваться от прозвища Rüscher. Основа Rüsch- восходит к средневерхненемецкому rusch — «тростник» или «камыш». В таком случае прозвище давали человеку, жившему у заросшего камышом болота или озера, либо тому, кто занимался заготовкой тростника для кровли или плетения. Суффикс -er в немецких фамилиях часто указывает на профессию или характерный признак места жительства, поэтому Рущер — это «живущий у камышей» или «тростниковщик».

Другая, менее вероятная, но возможная версия — искажение при записи фамилии Рущеров или Рушер. В русских документах XIX века фамилии иностранцев нередко коверкали на слух. Если предки были выходцами из немецких колоний (например, с Поволжья), фамилия могла изначально звучать как Рюшер (Rüscher) — с умлаутом, который при русификации превратился в «у». Встречаются и единичные случаи, когда фамилию Рущер давали в духовных училищах семинаристам — от латинского rus («деревня») или как искусственный перевод фамилии Сельский, но это лишь гипотеза без документальных подтверждений.

Географически фамилия Рущер встречается в основном на юге России и в Западной Сибири, куда в XIX веке переселялись немецкие колонисты. В дореволюционных метрических книгах её носители записаны как мещане или крестьяне, а в советское время — в среде технической интеллигенции. Поскольку фамилия крайне редкая, её носители, вероятно, являются потомками одной или двух семей, разошедшихся по стране.