Фамилия Ружковская — женская форма, но её основа, как и у большинства русских фамилий на -ский/-цкий, восходит к мужскому варианту Ружковский. Эта модель указывает на связь с географическим объектом, чаще всего с названием населённого пункта: села, деревни или урочища Ружково, Ружковка, Ружки. Такие топонимы встречаются в западных регионах бывшей Российской империи, особенно на территории современной Беларуси, Украины и Польши. В свою очередь, название села, скорее всего, произошло от прозвища или неканонического имени Ружко, которое могло быть связано со словом «ружьё» или с диалектным «ружь» (усердие, старание), но не исключено и происхождение от древнего личного имени Руж, возможно, сокращённой формы от Ружан или Ружена.

Словообразовательный суффикс -ск- (в полной форме -ский) в русской ономастике традиционно указывает на дворянское или шляхетское происхождение, особенно если фамилия образована от названия родового поместья. Однако в XIX веке, после реформ, фамилии на -ский массово давались и крестьянам, и духовенству — по названию места рождения или прихода. Поэтому Ружковская могла принадлежать как потомкам мелкопоместной шляхты, владевшей хутором Ружково, так и выходцам из простого сословия, переселившимся в город и записанным по месту прежнего жительства.

Спорным моментом остаётся корень «руж-». Если отталкиваться от польского «różny» (разный) или «różka» (рожок), то фамилия могла иметь польское звучание и писаться через «ó» — Różkowska, что при переходе в русскую среду упростилось до Ружковской. Версия с «ружьём» менее вероятна, но не исключена: прозвище Ружко мог получить оружейник или охотник, хотя для прозвищного происхождения типичнее суффикс -ов/-ев (Ружков), а не -ский.

География фамилии сегодня рассредоточена: носители встречаются в России, Беларуси и Украине, но без ярко выраженного одного ареала. В дореволюционных метрических книгах Ружковские чаще фиксировались в Могилёвской и Витебской губерниях, что подтверждает версию о западнорусском или белорусском корне. Единичные случаи — в среде православного духовенства, где фамилии на -ский давали семинаристам по названию родного села.