Фамилия Рыбонька — редкая и необычная, её стоит разбирать не с корня «рыб-», который лежит на поверхности, а с суффикса. Уменьшительно-ласкательный суффикс -оньк- в фамилиях почти не встречается: он характерен для нарицательных существительных (рыбонька, берёзонька), а не для прозвищ или отчеств. Поэтому Рыбонька — это не переделанное отчество (типа Рыбкин), а, скорее всего, застывшее уличное прозвище, которое дали человеку в насмешку или с нежностью. «Рыбонькой» могли назвать маленького, юркого или скользкого, как рыба, человека, либо того, кто постоянно торговал мелкой рыбой или ловил её. В говорах слово «рыбонька» иногда означало просто «рыбка» — обращение к ребёнку или жене, так что прозвище могло закрепиться за тем, кого так часто окликали.

Фамилия явно недворянская и нестарая: по моделям словообразования она сродни простонародным фамилиям-прозвищам, которые в XIX веке фиксировали в ревизских сказках как «уличное» имя, а затем оно переходило в официальную фамилию. Суффикс -а на конце указывает на женский род в исходном прозвище, но носителем мог быть мужчина — это обычная для русских фамилий ситуация (сравните: Сорока, Кривошея). Географически фамилия привязана к западнорусским и украинским областям: в Белоруссии и на Смоленщине такие «ласкательные» прозвища на -онька встречаются чаще, чем в северных говорах. В метрических книгах XIX века Рыбоньки попадаются в Могилёвской губернии и на Черниговщине, что подтверждает региональный след.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Рыбаков, Рыбкин, Рыбалко) показывает, что Рыбонька стоит особняком: у неё нет отчества-патронима на -ов или -ин, нет украинского суффикса -енко. Это чисто прозвищная форма, которая сохранила звучание живого разговорного слова. Носителям фамилии стоит знать: их предки, скорее всего, не были крупными рыбопромышленниками, а жили в деревне или маленьком городке, и прозвище им дали за характер, внешность или привычку — с оттенком ласки или иронии. Документальных упоминаний о знаменитых Рыбоньках нет, фамилия остаётся редкой, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска.