Фамилия Рылушкина — женская форма фамилии Рылушкин. Её основа восходит к прозвищу или неканоническому имени Рылушка. В русской ономастике суффикс -ушк- традиционно образует уменьшительно-ласкательные формы от личных имён или прозвищ (ср. Ванюшка, Петрушка, Марушка). Соответственно, Рылушка — это ласкательное производное от корня рыл-.

Корень рыл- связан со словом «рыло» — в древнерусском языке так называли лицо, морду, а также нос или клюв. Прозвище Рыло давали человеку с крупными, заметными чертами лица, особенно с большим носом. В словаре древнерусских личных имён и прозвищ С. Б. Веселовского зафиксированы, например, Рыло, Рылов, что подтверждает бытование такого прозвища в XV–XVII веках. Рылушка, таким образом, могло быть либо ласковым обращением к такому человеку (особенно к ребёнку), либо самостоятельным прозвищем, закрепившимся за конкретным родом.

Вероятно, фамилия Рылушкин сформировалась в северных или центральных регионах России, где модель образования фамилий через суффикс -ушк- (-ушкин) встречается чаще, чем на юге. Географически фамилия редкая: по данным современных телефонных справочников и баз, носители Рылушкиных сосредоточены в основном в Поволжье (Нижегородская, Кировская области) и на Урале. Это может указывать на локальное происхождение — от одного родоначальника, прозвище которого закрепилось за потомками.

Интересная деталь: в отличие от более частых фамилий на -ушкин, образованных от имён (Иванушкин, Петрушкин), Рылушкин стоит в ряду прозвищных фамилий, описывающих внешность. Сравните с однокоренными Рылов, Рыльцев, Рыльников — все они так или иначе связаны с тем же корнем, но суффикс -ушк- придаёт фамилии оттенок народной, деревенской традиции, где прозвища могли быть и обидными, и ласковыми одновременно.