Фамилия Рымонин — один из тех случаев, где на первый взгляд очевидная основа оказывается не такой простой. Если отбросить суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Рымони), остаётся корень Рымон-. В русском языке такого слова нет, и это первый намёк на то, что фамилия не от нарицательного, а от личного имени или прозвища.

Самая вероятная версия — связь с каноническим именем Роман. В народном произношении, особенно в южнорусских и украинских говорах, имя Роман могло звучать как Рыман (под влиянием «ыканья» — произношения [ы] на месте [о] в слабой позиции). От формы Рыман с помощью уменьшительного суффикса -он- (как в именах Семён, Матвей — Матюня, Роман — Рымоня) и образовалось прозвище Рымоня. Таким образом, Рымонин — «сын Рымони», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительным от Романа.

Вторая гипотеза, менее распространённая, отсылает к диалектному слову «рымон» — так в некоторых областях называли неряху, замарашку. Слово это редкое, фиксируется в северных и сибирских говорах. Если это так, то фамилия произошла от прозвища по неопрятному внешнему виду. Однако в пользу первой версии говорит массовость фамилий на -ин от имён (Ильин, Фомин, Никитин) — модель для Рымонина более естественна, чем для прозвищного корня.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где было распространено «ыканье»: Рязанская, Тамбовская, Воронежская области, а также Поволжье. Встречается она нечасто, что тоже характерно для фамилий, образованных от местных произносительных вариантов имени. Сословных перегородок у Рымониных не было: носители фамилии встречаются и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве — везде, где жил человек по прозвищу Рымоня.

Интересная деталь: в старых документах фамилию могли записать как Рыманин — с сохранением исходного «а» в корне. Такие варианты встречаются в переписных книгах XVII века. Человек, ищущий родословную, должен учитывать оба написания — они указывают на одно и то же происхождение от имени Роман.