Фамилия Рысенков напрямую связана с прозвищем Рыся, которое носил её родоначальник. В основе лежит нарицательное «рысь» — крупный хищник семейства кошачьих, известный своим острым зрением и стремительностью. Однако при разборе фамилии важно учитывать не только зоологическую подоплёку, но и модель её образования: суффикс -енков указывает на отчество второго порядка, то есть «сын человека по прозвищу Рыся», а сама форма с суффиксом -енко/-енков типична для украинского и южнорусского влияния, что может говорить о географических корнях предков.

Прозвище Рыся могло возникнуть по нескольким причинам. Самая распространённая версия — обереговая: давая ребёнку имя или прозвище животного, родители стремились «спрятать» его от злых сил, показывая природе, что дитя — своё, часть её мира. Считалось, что вместе с именем к человеку переходят и полезные качества зверя: зоркость, ловкость, гибкость. Поэтому Рысей могли назвать младенца в надежде, что он вырастет быстрым и внимательным.

Вторая версия — прозвище по чертам характера или внешности уже взрослого человека. Рысь — животное грациозное и сильное, поэтому Рысей могли прозвать ловкого и быстрого бегуна, гонца или посыльного. В этом случае прозвище подчёркивало физические достоинства человека. Исходя из этой логики, иногда высказывают предположение, что Рысей могли именовать и женского портного — за «хищную» хватку в ремесле или быстроту рук, хотя эта версия менее убедительна и не находит прямых подтверждений в ономастике.

Сам суффикс -енков в фамилии заслуживает отдельного внимания. В русской традиции патронимические фамилии чаще оформлялись через -ов/-ев (Рысов), а форма на -енков — это результат адаптации украинских фамилий на -енко (Рысенко) к русской норме. Такое явление массово происходило при переселении украинских крестьян и казаков на южнорусские земли и в центральные губернии. Таким образом, Рысенков может указывать на предка, который носил фамилию Рысенко, но в документах XIX–XX веков она обрусела.

Несмотря на кажущуюся простоту, у фамилии нет единственного «правильного» толкования. Наиболее правдоподобной остаётся связь с прозвищем от животного, будь то оберег или характеристика человека. В любом случае, потомок человека по прозвищу Рыся со временем получил фамилию Рысенков, которая закрепилась и дошла до наших дней.