Фамилия Рыскужин — редкая и неочевидная для русского уха. Её основа и суффикс указывают на тюркское происхождение, скорее всего, из башкирской или казахской среды. На это намекает и география: подавляющее большинство носителей фамилии живёт в Башкортостане и соседних регионах Урала.

Разберём состав. Корень «рыскужа» — это искажённое на русский лад мужское имя Рыскужа или Рыскужа́н. В тюркских языках, особенно в казахском и башкирском, распространены имена с компонентом «рыс» — от арабского «ризык» (благосостояние, пропитание, доля). Вторая часть имени — «кожа» (или «кужа») — восходит к персидскому «ходжа», что означает «господин», «хозяин», «почтенный человек», а в исламской традиции — «учитель», «наставник» или потомок пророка. Таким образом, имя Рыскужа примерно переводится как «богатый (благодатный) хозяин» или «почтенный, имеющий достаток».

Русский суффикс -ин в фамилии Рыскужин — классический патронимический формант, отвечающий на вопрос «чей?». Он присоединился к тюркскому имени по той же модели, что и к русским именам (Иванов — Иванин). То есть Рыскужин — это «сын Рыскужи». Такое оформление типично для фамилий, возникших в среде крещёных татар, башкир или других тюркских народов, которые входили в состав Российского государства и получали фамилии по русской административной схеме.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ов/-ев, суффикс -ин чаще указывает на основу, оканчивающуюся на -а или -я. Имя Рыскужа под это правило попадает идеально. Если бы в основе было имя Рыску́ж (без конечного гласного), фамилия звучала бы как Рыскужев. Сохранение формы на -ин — дополнительный аргумент в пользу того, что предка звали именно Рыскужа.

Сословно предки Рыскужиных, скорее всего, относились к тептярям или башкирам-вотчинникам. В XVIII–XIX веках многие башкиры и татары при переписях получали фамилии по имени отца, и Рыскужин — один из таких случаев. Никакой связи с русским словом «рыск» (беспорядочное движение) здесь нет — это случайное внешнее сходство. Фамилия чисто тюркская, с прозрачной внутренней формой «сын почтенного и обеспеченного человека».