Фамилия Рыскужина — женская форма фамилии Рыскужин. В русской традиции такие фамилии обычно заканчиваются на -ин, а не на -ов, что указывает на происхождение от основы, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Рыскуж, и это сразу подсказывает, что мы имеем дело с фамилией тюркского корня, скорее всего, башкирского или татарского происхождения.

Разберём основу. «Рыс» — это явно искажённое русским ухом «рысь» (хищник), но в тюркских языках «рыс» (или «ырыс») означает «счастье», «удача», «благополучие». Вторая часть — «куж» — может восходить к тюркскому «күз» (глаз) или «куш» (птица), но наиболее вероятна связь с башкирским словом «ҡыҫҡа» — «короткий». Тогда исходное прозвище Рыскужа (или Рыскуж) можно перевести как «короткое счастье» или «мимолётная удача». Это типичное для кочевых народов имя-пожелание, оберег: назвать ребёнка так, чтобы злые духи не позарились на долгую и полную удачу жизнь, а взяли то, что «короткое».

Второй вариант, менее вероятный, но встречающийся в ономастике, — сложение «рыс» (счастье) и «куж» как варианта слова «көж» (сила, мощь). Тогда Рыскужа — «счастливая сила». Такие имена давали мальчикам в надежде на удачу и физическую крепкость.

Фамилия Рыскужина — редкая. Встречается преимущественно в Башкортостане и в Челябинской области, где исторически компактно живут башкиры. Суффикс -ин вместо ожидаемого -ов в русской записи объясняется тем, что основа заканчивается на шипящий ж, а по правилам русской грамматики притяжательные прилагательные от таких основ образуются с суффиксом -ин (сравните: «отцов» — «отцовский», но «отчий»). Однако в массовой практике фамилии на -ин от тюркских основ — норма: отсюда и Рыскужин, а не Рыскужев.

По сословной принадлежности сказать определённо сложно. Носители фамилии могли быть как простыми скотоводами, так и служилыми людьми — башкирскими вотчинниками, которые получали фамилии при переходе на оседлость и учёте в ревизских сказках в XVIII–XIX веках. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в широких источниках не зафиксировано, что только подтверждает её локальный, родовой характер.