Фамилия Рыжникова — это женская форма фамилии Рыжников, а та, в свою очередь, образовалась от прозвища Рыжник. В основе, скорее всего, лежит прилагательное «рыжий»: так на Руси нередко называли человека с рыжими волосами или веснушчатым лицом, покрытым рыжими крапинками. Прозвища по цвету волос были одними из самых распространённых, поэтому эта версия выглядит наиболее естественной и правдоподобной.

Однако есть и другие объяснения. По одной из них, прозвище Рыжник связано с существительным «рига» — в эстонском языке оно звучит как «рыга» и означает «молотильный сарай с овином, крытый ток с сушилом». В этом случае Рыжником могли наречь того, кто молотил хлеб в риге или занимался строительством таких сараев. Более того, в старину «рижником» называли одного из домовых духов, который якобы жил в риге и считался её хозяином. Такое прозвище могло закрепиться за человеком, чьё поведение напоминало этот образ, или за тем, кто работал в риге чаще других.

Ещё одна гипотеза отсылает к украинскому диалектному слову «риж», то есть «рис». Тогда Рыжником могли прозвать торговца рисом. Эта версия менее убедительна: торговля рисом была не столь массовым занятием, чтобы оставить заметный след в прозвищах, тогда как внешность или место работы встречаются в основе фамилий гораздо чаще.

Словообразовательная модель здесь простая: суффикс -ник указывал на человека по его занятию или характерной черте, а окончание -ов добавилось по традиционной схеме, означая «сын Рыжника». Женская форма Рыжникова закрепилась за женами и дочерьми носителей фамилии. Стоит отметить, что фамилия встречается в разных регионах России, но чаще всего в тех областях, где было развито земледелие и, соответственно, существовали риги — от северо-запада до Поволжья. Это косвенно поддерживает версию о связи с молотильным сараем, хотя полностью исключать «рыжего» предка нельзя.