Фамилия Сафунова — женская форма фамилии Сафунов, и её разбор стоит начать с неочевидного: с суффикса. Мужской вариант оканчивается на -ов, что указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Сафунов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Сафун. Однако сама основа Сафун- — нестандартная для исконно русского имени. Здесь, скорее всего, мы имеем дело с адаптацией тюркского или арабского имени.

Самая вероятная версия — от мужского имени Сафун, которое восходит к арабскому «сафван» — «чистый, ясный, прозрачный». В исламской традиции это имя встречается, хоть и не так часто, как, скажем, Сафи. В русской среде, особенно в регионах с татарским или башкирским населением, такие имена нередко русифицировали, добавляя суффикс -ов, и они становились фамилиями. Например, в Поволжье или на Урале фамилия Сафунов встречается заметно чаще, чем в центральных областях, что подтверждает эту географическую привязку.

Есть и более прозаичная, бытовая версия: прозвище Сафун могли дать человеку, который занимался выделкой сафьяна — тонкой, дорогой кожи. В старину «сафьян» произносили и как «сафун» в некоторых говорах. Тогда родоначальник был кожевником или торговцем, а фамилия перешла в разряд профессиональных. Эта версия менее популярна у ономастов, но имеет право на существование: в русских фамилиях нередко ремесло упрощалось на слух.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов принадлежит к древнейшему пласту русских фамилий, возникших в XV–XVII веках. Суффикс -а, как в женской форме Сафунова, — чисто грамматический, указывающий на принадлежность женщине. Сословно фамилия не элитарная: скорее всего, предки были крестьянами или посадскими людьми, так как дворянские роды с такой основой в исторических документах почти не прослеживаются.

В написании стоит обратить внимание на ударение: в большинстве случаев оно падает на второй слог — Сафу́нова, но в южных говорах могло смещаться на последний. В современной России фамилия редкая, без громких исторических носителей, что делает её типичным примером «фамилии одного корня» — локальной, семейной, не размноженной по всей стране.