Фамилия Саккараева — редкая, с неочевидной корневой основой. Её происхождение не лежит на поверхности, и однозначной версии нет, но можно выделить наиболее вероятное направление. Фамилия явно образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Саккарая). Ударение, скорее всего, падает на последний слог: Саккара́ев.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу «Саккара» с тюркскими языками. В ряде тюркских языков (татарском, башкирском, казахском) есть слово, близкое к «сак» или «сака», которое может означать «осторожный», «бдительный» или относиться к древнему племени саков (скифов). При этом двойное «кк» в русском написании — следствие передачи тюркского твёрдого произношения или конкретного диалектного варианта. Если основа восходит к прозвищу Саккарай, то его могли дать человеку осмотрительному, либо, что реже, выходцу из мест, где помнили о сакском наследии.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским именем Сакар (огонь, ад) или с топонимом Саккара — знаменитый некрополь в Египте. Однако для русской фамилии египетская версия выглядит натянутой: маловероятно, что крестьянин или посадский человек в России получил прозвище по египетскому селению. Такое могло возникнуть разве что у духовных лиц, побывавших в паломничестве, но это единичные случаи.

По географии фамилия Саккараева встречается в основном на Северном Кавказе и в Поволжье — в регионах с сильным тюркским и кавказским влиянием. Это укрепляет версию о тюркском корне. Встречаются варианты написания с одним «к» — Сакараев, но двойное «кк» чаще встречается именно в осетинской и чеченской среде, где так передают долгие согласные.

Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа в именительном падеже оканчивалась на мягкий согласный или на -й (Саккарай). Фамилия недворянская, образована от прозвища или личного имени, а не от географического названия с суффиксом -ский. Сословно она могла принадлежать крестьянам, казакам или горцам, принявшим русскую фамильную модель.

Таким образом, Саккараева — фамилия с тюркскими корнями, скорее всего, от прозвища Саккарай, связанного с осторожностью или древним этнонимом. Редкость фамилии говорит о том, что её носители происходят из одной локальной группы, возможно, из одного села или рода.