Фамилия Сакнышов — редкая и с трудноузнаваемой основой. На первый взгляд она кажется иноязычной, но почти наверняка образована в русской среде по стандартной модели «прозвище + суффикс -ов». Чтобы понять её значение, придётся разобрать слово по частям.

В центре фамилии — прозвище Сакныш. Оно могло возникнуть двумя путями. Первый: от тюркского слова «сак» (осторожный, бдительный, сторож) с добавлением уменьшительного суффикса -ныш, характерного для татарского и башкирского языков. В этом случае Сакныш — «маленький сторож» или «осторожный человек», возможно, прозвище ребёнка или младшего работника, которому доверяли охрану. Второй вариант: переосмысление русского глагола «сакнуть» (ударить, хлестнуть) или диалектного «сак» (рыболовная снасть, мережа). Тогда Сакныш — человек, который либо бьёт (драчун), либо ловит рыбу саком. Правдоподобнее первая версия: тюркская основа объясняет необычное звучание, а суффикс -ов указывает на то, что фамилию «обрусели» — добавили типичное русское окончание.

Фамилия Сакнышов почти не встречается в центральных регионах России. Её ареал, судя по единичным записям, — южный Урал, Оренбуржье, Башкортостан. Это зона активных русско-тюркских контактов, где крещёные татары, башкиры или мишари получали фамилии по прозвищам, а затем полностью переходили на русский язык. Сакнышовы, скорее всего, потомки служилых людей или крестьян из смешанной этнической среды. Сословной привилегированности фамилия не несёт: суффикс -ов в таких случаях указывает на непривилегированное происхождение (крестьяне, мещане, казаки), а не на дворянство.

Известных исторических носителей с такой фамилией нет — она слишком редкая, чтобы попасть в энциклопедии. В современных базах данных встречаются единичные Сакнышовы, в основном в Челябинской и Оренбургской областях. Фамилия не меняла написания: ударение, по аналогии с подобными фамилиями (Сакмаров, Сакыров), падает на второй слог — Сакны́шов.