Фамилия Саквин — одна из тех, где на первый взгляд всё прозрачно, но при ближайшем рассмотрении открывается несколько возможных корней. В основе лежит либо прозвище, либо адаптация иноязычного слова, а суффикс -ин указывает на принадлежность: Саквин буквально значит «сын Сака» или «человек из семьи Сака».

Самый прямой путь — от нецерковного имени или прозвища Саква. В старину саквой называли дорожную сумку, мешок, который носили за плечами. Прозвище Саква могли дать либо торговцу, который ходил с товаром в заплечном мешке, либо человеку с характерной осанкой или привычкой носить что-то при себе. В этом случае фамилия — типичный пример прозвища по предмету быта, как, например, Котомкин или Ларечкин.

Вторая версия, не менее вероятная, — тюркское происхождение. В тюркских языках «сак» или «саг» означает «осторожный», «бдительный», а также может быть этнонимом (скифы-саки). Саквин тогда — это «сын Сака», где «Сак» — личное имя или прозвище с таким значением. Среди служилых людей и казачества, где было много выходцев из татарских и ногайских родов, такие имена и фамилии встречались нередко. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Саквин встречается в южных регионах, особенно в казачьих областях.

Менее распространённый вариант — от слова «саква» в значении «сеть для ловли рыбы» (в некоторых диалектах). Если предок был рыбаком, прозвище могло закрепиться за ним по орудию труда. Однако эта версия уступает первым двум по частоте и географической привязке.

В документах фамилия фиксируется с XVIII века, преимущественно на территории бывшего Царицынского уезда и в землях Войска Донского. Среди Саквиных встречались как крестьяне, так и казаки, что подтверждает смешанный характер фамилии — она могла возникнуть и в крестьянской среде (от прозвища по сумке), и в служилой (от тюркского имени). Однокоренные фамилии — Саква, Саквинцев, Сакванов — встречаются редко, что делает Саквина довольно уникальным вариантом.