Фамилия Салхожаев звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно для того, кто знаком с тюркскими языками. В основе лежит мужское имя Салхожа, которое состоит из двух частей. Первая — «сал» — восходит к тюркскому слову «салық» (спокойный, солидный) или же к глагольной основе «сал-» (класть, ставить, воздвигать). Вторая часть — «хожа» — это вариант арабского «ходжа» (господин, хозяин, наставник). В дореволюционном Туркестане «хожа» было не просто уважительным обращением, а обозначало потомков пророка Мухаммеда или людей из привилегированного духовного сословия. Таким образом, имя Салхожа можно перевести как «степенный господин» или «почтенный наставник».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный. В данном случае исходное имя Салхожа (с ударением на последний слог) дало форму Салхожаев — «сын Салхожи». Такое оформление характерно для фамилий, возникших в среде казахов, киргизов, узбеков и других народов Средней Азии в период их вхождения в состав Российской империи, когда при переписях и оформлении документов местные имена русифицировали с помощью отчества-фамилии.

Географически фамилия Салхожаев с наибольшей вероятностью привязана к Казахстану, особенно к южным и западным регионам, где распространён суффикс -ев в фамилиях. Встречаются носители и в Киргизии, а также в среде казахской диаспоры в России. В документах XIX — начала XX века это имя могло фиксироваться как Салхожа, Салходжа, а фамилия — в вариантах Салхожаев или Салходжаев, что связано с особенностями передачи арабского звука через кириллицу.

Сословная принадлежность первых носителей неоднородна. С одной стороны, имя «хожа» указывает на возможное происхождение из духовенства или уважаемого рода. С другой — в кочевой среде это имя давали и простым людям, желая подчеркнуть их степенность или уважение в общине. Поэтому фамилия Салхожаев не говорит однозначно о знатности, но почти наверняка свидетельствует о том, что предок был человеком заметным и пользовался авторитетом среди соплеменников.