Фамилия Сальпетер — редкий случай, когда основа не даёт однозначной этимологии, а суффикс подсказывает географию. Окончание -ер указывает на западнославянское или немецкое происхождение: в русской среде такие фамилии почти не образовывались, их приносили переселенцы или они возникали на стыке культур, например, в Прибалтике или на западе Украины.

Самая прямая версия — сложение двух немецких корней: Salz («соль») и Peter (имя Пётр). Буквально «соляной Пётр» — прозвище человека, который торговал солью или владел соляными промыслами. В немецких землях фамилия Salzpeter (с утраченным со временем [ц]) действительно встречается, хотя и нечасто. Соль в Средние века была стратегическим товаром, и прозвище, привязанное к ней, могло закрепиться за купцом или поставщиком.

Менее вероятная, но возможная версия — искажение от «селитра» (нем. Salpeter). Селитра использовалась в пороховом деле и удобрениях, а её добыча и продажа тоже давали прозвища. Однако в таком случае фамилия обычно писалась бы через «и» — Сальпитер или Сальпиттер. Форма Сальпетер тяготеет к личному имени, а не к веществу.

На территории Российской империи носители фамилии фиксировались в Одессе и Херсонской губернии — регионах, где в XIX веке селились немецкие колонисты и ремесленники. Возможно, предок был выходцем из немецких поселений на юге Украины или из Причерноморья, где соляной промысел был развит.

Словообразовательная модель проста: основа Сальпетер — это уже готовая фамилия, а не русская патронимическая конструкция. В русском быту к ней могли добавлять окончание -ов (Сальпетеров), но в исходном виде она сохранила иноязычный облик.