Фамилия Самарходжаев — верный признак узбекского или таджикского происхождения, причём довольно позднего: её основа строится по арабо-персидской модели, а русский суффикс -ев появился уже в советское время при паспортизации. Разберём по частям. Первая часть — «Самар» — это сокращение от имени Самарканд или напрямую от названия города Самарканд. В тюркской и иранской среде часто давали имена в честь священных или крупных городов, и «Самар» могло быть как самостоятельным именем, так и усечённой формой от «Самарканд». Вторая часть — «ходжа» (хожа, ходжа) — почётный титул, восходящий к арабскому «хваджа» — «господин», «хозяин», «наставник». В Средней Азии ходжами называли потомков пророка Мухаммеда или, шире, людей из духовного сословия, уважаемых религиозных деятелей. Таким образом, Самарходжа — это составное имя или прозвище: «ходжа из Самарканда» или «самаркандский ходжа». Фамилия Самарходжаев, соответственно, означает «потомок Самарходжи».

Важно понимать, что суффикс -ев здесь не русский патронимический, а адаптированный под русскую грамматику: для нерусских фамилий в советских документах часто брали основу от имени отца (Самарходжа) и добавляли -ев/-ов. В самой узбекской традиции такая фамилия звучала бы как Самарходжаев или Самарходжа угли (сын Самарходжи), но русская паспортная система закрепила именно форму с -ев.

По географии фамилия почти целиком привязана к Узбекистану, особенно к Самаркандской и соседним областям, реже встречается в Таджикистане. Носители фамилии — потомки людей, которые, скорее всего, происходили из среды религиозных авторитетов или купеческих семей, связанных с Самаркандом. Встречается и вариант написания Самарходжаев (через «а») — это не ошибка, а следствие разной передачи арабской буквы «алиф» в советских загсах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ходжаев (просто «ходжа»), Самаркандиев (от названия города без титула), Ходжаназаров (ходжа + Назар). Самарходжаев стоит особняком: он склеивает топоним и социальный статус, что редкость. В русском контексте фамилия звучит экзотично, но для Средней Азии это обычная составная антропонимика, где имя человека могло быть целым предложением-характеристикой.