Фамилия Самаускас — литовского происхождения. Её выдают суффикс и окончание: типичная литовская фамилия мужского рода заканчивается на -ас, а женская форма будет Самаускене (для замужней) или Самаускайте (для девушки). В основе фамилии лежит прозвище или второе имя Самаус, которое, скорее всего, образовано от двух литовских корней: «samas» (одинокий, сам по себе) или от диалектного «samauti» (бродить, скитаться). Вторая часть, -aus-, может быть связана с глаголом «ausiti» (светать, рассветать) или существительным «ausis» (ухо). Таким образом, Самаускас — это «сын Самауса», то есть человек, чей предок носил прозвище Одиночка, Скиталец или, если принять версию с «ухом», Чуткоухий.

Исторически эта фамилия распространена в северо-восточной Литве, особенно в Жемайтии и окрестностях Паневежиса. В России и Беларуси фамилия встречается редко, чаще всего у потомков литовцев, переселившихся в XIX–XX веках. В польских метриках XIX века, где записывали литовские фамилии, могла писаться как Samauskas — с польской орфографией, но произносилась так же.

Сравните с однокоренными литовскими фамилиями: Самаускас стоит в одном ряду с Самайтис (от «samaitis» — литвин, жемайт), Самавичюс (от «samas» + «vyčius» — воин) и Самарас (от «samaras» — одиночество). Все они указывают на человека, который выделялся из общины — либо характером, либо образом жизни.