Фамилия Самисов — редкий случай, когда суффикс -ов присоединён к основе, которая сама по себе звучит как готовая фамилия. Это наводит на мысль, что перед нами не патроним (сын Самиса), а скорее фамилия, образованная от прозвища или имени, которое уже имело фамильный облик.

Самая вероятная версия: основа Самис — это усечённая форма крестильного имени Самуил или Савватий. В русской народной традиции имена часто сокращали до одного-двух слогов: Самуил → Самуся → Самис; Савватий → Сава → Савис → Самис. Суффикс -ов тогда работает стандартно: «чей?» — Самисов, то есть потомок человека, которого в быту звали Самис.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков «самис» означает «толстый, упитанный». Прозвище по внешности — один из древнейших способов именования. Если это так, то фамилия могла возникнуть в зонах русско-тюркского контакта (Поволжье, Урал, южные губернии) и изначально звучала как Самисов — «сын толстяка».

Обращает на себя внимание суффикс -ис в основе. Он нетипичен для русских имён и прозвищ, что усиливает версию о заимствовании либо о сложной редукции. В некоторых говорах, особенно северных, конечное -с могло появиться из-за аканья или упрощения групп согласных: Самуилов → Самуйлов → Самусов → Самисов.

География фамилии неширокая. В дореволюционных метриках Самисовы встречаются в основном в Вятской, Пермской и Казанской губерниях — там, где смешивались русские, финно-угорские и тюркские традиции именования. Это косвенно поддерживает обе версии: и усечение православных имён, и тюркское прозвище.

По сословной принадлежности Самисовы, судя по доступным данным, были преимущественно государственными крестьянами и мещанами. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Следовательно, предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, жившие на востоке Европейской России.