Фамилия Самкаева — женская форма фамилии Самкаев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. Самкаев — фамилия тюркского происхождения, скорее всего, из башкирской или татарской среды. Основа здесь — личное мужское имя Самкай (или Сәмкәй), которое образовано от арабского корня «самк» — «высота», «величие». В тюркских языках к нему добавили уменьшительно-ласкательный аффикс -кай/-кәй, который придаёт имени оттенок «маленький, дорогой» (как, например, в имени Тимкай от Тимер). Таким образом, Самкай — это «маленький великий» или «дорогой как высота», что для тюркской антропонимии типично: имя несло пожелание ребёнку расти высоким, знатным или уважаемым.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который в Поволжье и на Урале часто добавляли к тюркским именам при оформлении фамилий. Самкаев буквально означает «сын (или потомок) Самкая». Встречается фамилия в основном в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях — в зоне исторического расселения башкир и татар. Носители, как правило, из крестьянского или служилого сословия, но точное сословие предков определить сложно: фамилия не дворянская, не купеческая, а массовая, народная.

Интересная деталь: написание через «а» (Самкаев) вместо ожидаемого «о» (Сомкаев) говорит о том, что в основе лежал тюркский гласный «ә» (близкий к русскому «а»), который при русификации не перешёл в «о». Это отличает фамилию от многих русских фамилий на -аев, где «а» часто восходит к «о» под ударением. Если бы имя звучало как «Сомкай», фамилия была бы Сомкаев, но здесь закрепился именно вариант с «а». Встречаются однокоренные фамилии: Самканов, Самков — они могут быть образованы от того же имени, но с другими суффиксами.