Фамилия Самошонкова — женская форма фамилии Самошонков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Самошонок. Сама основа «Самош-» скорее всего является народной, разговорной формой крестильного имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). В русских говорах имя Самуил часто превращалось в Самойло или Самоха, а от уменьшительной формы Самоша (как Проша от Прокопий или Тимоша от Тимофей) и пошёл этот корень.

Ключевая особенность фамилии — суффикс «-онок» (в женском роде «-онк-»). В белорусских и западнорусских говорах этот суффикс (он же «-ёнок») был типичен для обозначения молодого существа или сына: «Самошонок» буквально значило «сын Самоши» или «младший Самоша». По такой же модели образованы фамилии Тимошонков, Прошонков, Данилёнков. Это указывает на то, что родоначальник Самошонковых жил, скорее всего, на территории современной Беларуси, Смоленщины или Брянщины — в зоне, где фамилии на «-онок» особенно распространены.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию не с именем, а с прозвищем от диалектного слова «самош» — так в некоторых говорах называли самоуверенного или своенравного человека. Однако в ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилии на «-онок» в подавляющем большинстве случаев отталкиваются от имени, а не от нарицательного слова, поэтому версия с крестильным Самуилом выглядит убедительнее.

Сословно Самошонковы, как и большинство носителей фамилий этой модели, происходили из крестьян или мещан. Фамилия недворянская, без «-ский» на конце, что тоже говорит о простонародном происхождении. Встречается она нечасто, и по сей день её географическое ядро — западные области России и восток Беларуси.

Таким образом, фамилия Самошонкова рассказывает о предке, которого в быту звали Самоша (от Самуил), и указывает на его малую родину — земли, где сына называли «онком».