Фамилия Самтонова — женская форма мужской фамилии Самтонов, которая образована от имени или прозвища Самтон. В основе, скорее всего, лежит разговорная или диалектная форма канонического имени Самсон (древнееврейское «солнечный»). В русской народной среде имя Самсон нередко упрощали до Самсон, Самос, а в некоторых говорах — до Самтон, с заменой «с» на «т» под влиянием аканья или просто как фонетический вариант. Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — Самтонов, то есть потомок Самтона.

Менее вероятно, но возможно, что основа связана с тюркскими или кавказскими корнями, где «сам» или «самт» могло означать «ровный», «гладкий» или быть частью сложного имени. Однако для русской ономастики такая версия экзотична: фамилия Самтонов встречается в основном в центральных и северных регионах России, где имя Самсон было в ходу, а акающие говоры (замена «о» на «а» в безударной позиции) давали формы вроде Самтон. Географическая привязка слабая, но в метрических книгах XIX века Самтоновы фиксировались, например, в Вологодской и Костромской губерниях, что подтверждает народную, а не книжную природу фамилии.

Стоит обратить внимание на суффиксальную модель: Самтонов — не единственная фамилия от этого корня. Встречаются Самсонов (от полной формы имени) и Самосов (от сокращения Самос). Самтонов стоит особняком как редкий вариант, возникший в устной речи. Если ваш предок носил фамилию Самтонов, он, скорее всего, был крестьянином или посадским человеком, а само имя Самтон в его семье передавалось по наследству как мирское прозвище, а не церковное. Фамилия недворянская, не аристократическая — типичный пример того, как простонародная фонетика закрепилась в официальном родовом имени.