Фамилия Самтонов встречается редко, и её происхождение не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение — это искажённая форма от более распространённой фамилии Самсонов. В основе последней лежит крестильное имя Самсон (древнееврейское «шимшон» — «солнечный»). В народном произношении имя Самсон нередко упрощалось до «Самосон» или «Самтон» — так появлялись фамилии Самосонов, Самтонов и, возможно, Самтонов.

Модель образования здесь стандартная: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»), то есть Самтонов — сын человека по имени или прозвищу Самтон. Фамилия относится к типу «отцовских» (патронимических), которые в XV–XVII веках закрепились сначала у знати, а затем у крестьян и горожан.

Есть и другая, менее вероятная версия. В южнорусских и украинских говорах слово «самтон» могло быть прозвищем для человека, который «сам себе тон задаёт», то есть своенравного, независимого. Но это предположение не подкреплено ни словарями, ни устойчивой диалектной традицией — скорее, народная этимология, возникшая от созвучия.

Географически фамилия Самтонов тяготеет к центральным и южным областям России, но везде остаётся единичной. В документах XVII века, например в переписных книгах, она не зафиксирована — это ещё один довод в пользу того, что перед нами не древняя фамилия, а позднее фонетическое ответвление от Самсоновых. Носители могли утратить одну букву «с» в устной речи, а затем и в официальных записях, что для русской ономастики дело обычное.

Таким образом, если вы Самтонов, ваши предки, скорее всего, носили фамилию Самсонов, но по какой-то причине (ошибка писаря, местный говор, неграмотность) потеряли «с» в середине. Имя Самсон было популярно среди духовенства и купечества, так что корни могут быть и в церковной среде.