Фамилия Самулкина — женская форма, а её мужской вариант Самулкин. В основе, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Самулка. Такое имя могло возникнуть как уменьшительная форма от крестильного имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом») через цепочку Самуил → Самуля → Самулка. Суффикс -к- в русских именах часто придавал ласкательный или обиходный оттенок, поэтому Самулкой могли звать и взрослого человека, и ребёнка.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища по роду занятий. В некоторых говорах «самулка» могло быть диалектным словом, связанным с рыболовством или обработкой дерева, но это требует подтверждения в региональных словарях. Поскольку фамилия редкая и не встречается в массовых ревизских сказках центральных губерний, её ареал стоит искать на Русском Севере или в Поволжье, где имя Самуил было популярнее среди старообрядцев.

Словообразовательная модель проста: к основе Самулк- добавили патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Самулки). Окончание -а в женской форме — грамматическая норма, не несущая дополнительного смысла. В дореволюционных документах фамилию могли записывать с одним «л» (Самукин) из-за ошибок писцов, но корень оставался тем же.

Сословная принадлежность носителей фамилии не зафиксирована, но по типу образования (суффикс -ин, а не -ский) можно предположить, что предки Самулкиных относились к крестьянам или мещанам, а не к дворянству. Встречаемость фамилии в современных телефонных справочниках и базах данных минимальна, что подтверждает её локальный характер.