Фамилия Санаявас — редкий случай, когда славянская фамилия образована от литовского или латышского корня, что сразу выдает её балтийское происхождение. В основе лежит литовское слово «sanas» (старый) или «sanis» (старик), а суффикс «-авас» характерен для фамилий, образованных по модели прилагательных в литовском языке (сравните: «baltas» — белый, «baltavas» — беловатый). Таким образом, Санаявас буквально означает «староватый» или «относящийся к старому», а в переносном смысле — прозвище пожилого, умудрённого опытом человека.

Фамилия почти наверняка происходит из исторических земель Великого княжества Литовского, где русское население веками соседствовало с балтийскими народами. Встречается она в основном на северо-западе России (Псковская, Смоленская области) и в Литве, но в крайне малом количестве — носителей буквально единицы. Это не крестьянская фамилия, возникшая от имени отца, а скорее прозвищная, закрепившаяся за конкретным человеком или родом, который выделялся возрастом или характером.

Если смотреть на словообразовательную модель, то «Санаявас» стоит в ряду таких редких балтизмов, как «Буткус» (от «butas» — квартира), «Паулаускас» (от имени Павел), но с той разницей, что основа «сана-» не имеет очевидного аналога в русском языке. Это делает фамилию уникальной: её носитель, скорее всего, потомок литовца или латыша, который в XVI–XVIII веках оказался в русскоязычной среде и сохранил фамилию в исходной балтийской форме, а не переделал её на «-ов» или «-ин».

Географически фамилия могла закрепиться в тех местах, где литовские переселенцы основывали хутора или служили в гарнизонах. Встречается она и в Латвии, где латышское «sans» (старый) плюс суффикс «-avs» даёт ту же семантику. Споров о происхождении нет: версия с «sanas» — единственная правдоподобная, так как славянского корня «сан-» (в значении «сани» или «сан» как титул) в этой фамилии не прослеживается из-за суффикса.

Для человека, носящего фамилию Санаявас, это почти стопроцентный маркер балтийских корней, уходящих в эпоху Речи Посполитой. Предки могли быть мелкими землевладельцами, ремесленниками или военными, но точных данных об их сословии нет — фамилия слишком редкая, чтобы делать обобщения.