Фамилия Санфокин — одна из тех, где ясная модель образования спорит с неочевидной основой. Внешне она выглядит как типичная русская фамилия на -ин, образованная от имени или прозвища, оканчивающегося на -а/-я: Санфока. Но что такое «Санфока»?

Самая вероятная версия — искажение церковного имени. В русской народной среде греческие и латинские имена часто переделывали до неузнаваемости. Имя Сампсон (от древнееврейского «солнечный») в просторечии могло превратиться в Сансон, а затем — в Санфока. Суффикс -ок- здесь уменьшительный или прозвищный: Сан(с) → Санок → Санфока. Фонетически переход «с» в «ф» перед глухим согласным — явление нередкое в диалектной речи (ср. «сандалии» и «фандалии»). Таким образом, Санфокин — потомок человека по прозвищу Санфока, то есть уменьшительного от Сампсон.

Менее убедительна версия о связи с греческим словом «санфос» (светлый, рыжий) или с тюркским корнем. Для фамилии, зафиксированной в русских говорах, тюркская основа маловероятна — слишком характерен для неё именно русский суффикс -ок- с последующим -ин.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от народной формы церковного имени — такие варианты чаще бытовали в крестьянской среде, где имя Сампсон давали по святцам, но в быту переиначивали. Носители фамилии — скорее всего, потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по прозвищу отца.

В написании фамилия устойчива: ударение на второй слог — Санфо́кин. Вариант Санфокин (с ударением на первый слог) встречается, но реже и, вероятно, является вторичным.