Фамилия Сафокина — женская форма, но её разумно начинать с мужского варианта Сафокин. В основе лежит имя или прозвище Сафока. Это, скорее всего, не церковное имя, а просторечная, обиходная форма от канонического имени Сафоний (или Софоний). В русской традиции такие имена часто усекали: Софоний превращался в Софон, а затем в Сафон, Сафок. Суффикс -ок здесь не уменьшительно-ласкательный, а словообразовательный, характерный для северных и сибирских говоров, где из Сафона делали Сафок, а из Сафока — Сафокин («чей?» — сын Сафока).

Само имя Сафоний (в церковной форме Софоний) — древнееврейского происхождения, означает «Господь сокрыл» или «тайна Божия». В святцах это имя одного из малых библейских пророков. Однако в крестьянской среде XIX века имя было редким, поэтому фамилия Сафокин могла возникнуть и от мирского прозвища, данного по внешности или поведению. В диалектах «сафока» — иногда так называли нелюдимого, угрюмого человека, но эта версия менее надёжна, так как не зафиксирована в основных словарях русских говоров.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. Встречается в старых переписях Вологодской, Костромской и Кировской губерний. Там суффикс -ин в фамилиях указывал на прямую принадлежность к отцу (сын Сафоки), а -ов/-ев — на более широкую родовую связь. Поэтому Сафокины — потомки конкретного человека по имени или прозвищу Сафок.

Редкость фамилии в том, что её основа не перепутана с другими: есть похожая фамилия Сафонов, но там корень другой — от Сафон (без суффикса -ок). Сафокина — более локальный, «штучный» вариант, который не стал массовым. Предки носителей этой фамилии, судя по всему, были крестьянами или посадскими людьми, жившими в небольших поселениях, где прозвище Сафок было известно всем соседям.