Фамилия Сафонкина ведет свое начало от производной формы крестильного мужского имени Софоний (в переводе с греческого «господь защищает») — Сафонка. Известно, что имя Софония носил один из библейских пророков. Он жил в царствование иудейского царя Иосии (VII век до н. Но иудейское царство было уже накануне своего разрушения, и предсказание об этой катастрофе с призывом к покаянию и служит главным содержанием Книги пророка Софонии. Скорее всего, основатель рода Сафонкиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сафонка, со временем получил фамилию Сафонкина.