Фамилия Сафонкова — женская форма от Сафонков, а та, в свою очередь, образована от мужского имени Сафон. Это народная, обиходная форма крестильного имени Софония. В церковном календаре так звали одного из библейских пророков, имя которого в переводе с древнееврейского означает «Господь сокрыл» или «Господь защитил». В русской бытовой традиции книжное «Софония» редуцировалось до короткого и удобного Сафон — точно так же, как, скажем, Евфимий превращался в Ефима, а Иоанн — в Ивана.

Модель образования здесь прозрачна и типична для северных и центральных регионов России. Суффикс -ов- (в женском варианте -ова) указывает на принадлежность: Сафонков буквально означало «сын Сафона». Сначала так называли главу семьи, потом прозвище закрепилось за всем родом, а затем и за потомками. Фамилия эта — отчество второго порядка, то есть она напрямую ведет к личному имени предка, минуя прозвище или ремесло.

Интересная особенность фамилии — её географическая привязка. Сафонковы и Сафонковы чаще всего встречаются в бывших владимирских, ярославских и костромских землях, а также на Русском Севере. В этих краях имя Сафон было особенно распространено в XVI–XVII веках, что подтверждается архивными записями. Например, в документах по городу Шуе упоминаются крестьяне Сафоновы, а в переписных книгах Вологды — Сафонковы. Это указывает на то, что предки носителей фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, а не дворянами — фамилии на -ов из полных имен без суффикса -ск- характерны именно для непривилегированных сословий.

Стоит упомянуть и редкий вариант написания — Сафонкова, без ударения на последний слог. В некоторых говорах фамилию произносили с ударением на второй слог (Сафо́нкова), но литературная норма закрепила ударение на окончание. Если ваша фамилия именно Сафонкова, а не Сафонова, это лишний раз подтверждает, что в основе лежало имя Сафон, а не Сафоний — суффикс -к- в данном случае не уменьшительный, а словообразовательный, он помогал отличать носителей от многочисленных Сафоновых в той же местности.